Národná diaľničná spoločnosť zabezpečila dopracovanie primeraného posúdenia vplyvov projektov R2 Košice, Šaca - Košické Oľšany I. a II. úsek na územia sústavy NATURA 2000. Dôvodom realizácie je pripravované rozšírenie siete NATURA 2000 rezortom životného prostredia o 33 nových Území Európskeho významu. Projekt R2 Košice, Šaca – Košické Oľšany II. úsek bude v konflikte s dvomi územiami, ktoré budú vyhlásené za Územia Európskeho významu v etape NATURA C+.
V prípade novonavrhovaných Území Európskeho významu ide o tieto územia:
Okrem vyhodnotenia vplyvu na novonavrhované Územia Európskeho významu obsahuje toto dopracované primerané posúdenie aj vyhodnotenie vplyvu na ciele ochrany pre všetky Územia Európskeho významu, ktoré budú projektom R2 Košice, Šaca – Košické Oľšany ovplyvnené. Pre ÚEV v blízkom okolí hodnoteného projektu spracovala Štátna ochrana prírody SR pre Národnú diaľničnú spoločnosť návrhy cieľov ochrany troch území – ÚEV Haništiansky les, ÚEV Hornádske meandre a ÚEV Dolný tok Hornádu. Pre navrhované ÚEV Dolný tok Torysy pripravil zhotoviteľ dokumentácie návrh cieľov ochrany na základe konzultácie so Štátnou ochranou prírody SR extrapoláciou z návrhu cieľov ochrany ÚEV Dolný tok Hornádu, a pre CHVÚ Košická Kotlina boli ciele ochrany vypracované už v minulosti, v rámci programu starostlivosti o CHVÚ Košická Kotlina.
Národná diaľničná spoločnosť prebrala od zhotoviteľa dokumentácie finálne dielo 19.3.2021. Z jej záverov vyplýva, že projekty rýchlostnej cesty R2 Košice, Šaca – Košické Oľšany I. a II. úsek nebudú mať významný nepriaznivý vplyv na integritu území sústavy NATURA 2000 samostatne ani v kombinácii s inými projektami.